11 September 1963 Dimulai dengan kebaktian Anak Sekolah minggu di sebuah ruangan yang berukuran 3x4 meter di ruang tamu dari rumah Bapak Yusuf Ruslim. Satu tahun kemudian dari kebaktian sekolah minggu di bawah pimpinan Bapak Timothy Zakaria membuahkan hasil sebab orang-orang dewasa mulai berdatangan dan terbentuklah ibadah dewasa dengan Bapak Jonatan Pribadi sebagai gembala sementara. Dengan dukungan penuh dari Gembala sidang Pusat maka di mulailah kebaktian cabang di Jembatan Hitam Dalam No 21 Jakarta, di sebuah Gang yang sempit di perkampungan yang kumuh pada waktu itu. Jemaat semakin berkembang dan ruangan kebaktian pun terus diperluas dengan jalan bapak Yusuf Ruslim sebagai pemilik rumah merelakan ruang tamunya untuk dapat dipakai ibadah. Tahun 1965 muncul pula kebaktian baru untuk kaum muda tanggal 2 Maret 1966 kembali sejarah mencatat dengan munculnya kebaktian doa di Jembatan Hitam.
Beberapa Senior telah diberikan tawaran untuk menjadi Gembala tetapi semuanya menolak. Hal ini disebabkan karena keadaan Gereja di dalam Gang yang sempit, di tambah dengan Jemaat yang terdiri dari Encim-encim dengan keadaan sosial yang sangat sederhana. Pada Tahun 1980-an Bapak Jonatan kembali dari Korea. Ini merupakan tahun yang luar biasa.. Dengan semangat yang menggebu-gebu dibukalah beberapa perintisan yang baru.
Gereja-gereja dari GSJA ini pun mulai bertumbuh dan menjadi besar. GSJA Jembatan Hitam bukan hanya melahirkan gereja-gereja kecil tapi sekolah TK-SD-SMP-SMA-SMEA telah dilahirkan di daerah Jelambar, Jl Setia Jaya Raya 100. Dan diberi nama Sekolah Kristen "Pancaran Berkat" karena memang ini merupakan Pancaran Berkat dari Tuhan.
Tahun 1990 karena dirasakan pertumbuhan yang semakin bertambah dan lingkungan yang tidak lagi mendukung, maka dibelilah sebidang tanah di jalan Bandengan Selatan No 41 B. Dengan pergumulan doa dan air mata, pada tahun 1991 mulai dibangun sebuah rumah ibadah bagi kemuliaan Tuhan dan 28 Agustus 1993 di tahbiskan menjadi GSJA Bandengan Selatan hingga kini.
Tahun 1997 GSJA Bandengan mulai berkenalan dengan Abbalove di Speed Plaza dan kemudian bergabung dengan kegerakan IGMN. Setahun kemudian bergabung lagi dengan P3-1000 hingga kini menjadi Unity Movement ministries.